Inspektorat Jenderal Kementerian Perhubungan berhasil mendapatkan Sertifikasi ISO 9001 : 2008 pada tanggal 10 Juni 2015 yang diberikan oleh TUV NORD (International Organization for Standardization). Prosedur mutu yang harus dipenuhi oleh Itjen Kemenhub untuk  meraih Sertifikasi ISO 9001:2008 sebanyak 26 item yaitu Audit Internal, Tinjauan Manajemen, Pengendalian Produk yang Tidak Sesuai, Tindakan Perbaikan, Tindakan Pencegahan, Pengendalian Dokumen, Pengendalian Catatan, Kepuasan Pelanggan, Pemantauan Tindak Lanjut Hasil Audit, Laporan Evaluasi Hasil Pengawasan, Proses Pengadaan Barang dan Jasa, Penanganan Surat Masuk, Penanganan Surat Keluar, Surat Perjalanan Dinas, Penyusunan Laporan Keuangan, Pembayaran Gaji, Pembayaran LS Pihak Ketiga, Penyusunan Rancangan Kerja dan Anggaran, Penyusunan PKPT, Monitoring & Evaluasi Pelaksanaan Kegiatan Itjen, Peningkatan Kompetensi SDM, Peminjaman Barang, Pengelola Barang Persediaan, Pengelolaan Aset, Pelaksanaan Audit dan Pembuatan Laporan Laporan Hasil Audit.

Sistem Manajemen Mutu ISO 9001:2008  merupakan persyaratan standard  yang berfokus pada proses, maka pemahaman terhadap persyaratan-persyaratan dari ISO 9001:2008 akan membantu organisasi dalam menetapkan dan mengembangkan sistem manajemen mutu secara sistematik untuk memenuhi kepuasan auditi dan peningkatan proses terus-menerus. Pencapai ISO 9001:2008 ini merupakan salah satu bentuk komitmen dan kesungguhan Itjen Kemenhub dalam meningkatkan mutu pelayanan khususnya di bidang Audit.

Selain telah bersertifikasi ISO 9001:2008, juga telah meraih Internal Audit Capability Model (IACM) Level 3. IACM merupakan instrumen untuk mengukur sejauh mana kapabilitas yang dimiliki oleh unit Internal Auditor. IACM secara level terdiri atas 5 yaitu Level 1 (Initial), Level 2 (Infrastructure), Level 3 (Integrated), Level 4 (Managed) dan Level 5 (Optimizing). Pada tahun 2014, berdasarkan hasil penilaian tingkat  kapabilitas pada 474 APIP pada Kementerian, Lembaga dan Pemerintah Daerah sebanyak 404 APIP atau sebesar 85,23% berada di level 1. Sementara 69 APIP atau 14,56% berada pada level 2, dan baru satu APIP atau 0,21% yang berada pada level 3 di tahun 2014.

Alhamdulillah pada tahun 2015 APIP Kementerian Perhubungan telah berhasil mencapai level 3 bersama dengan Kementerian Keuangan dan BPKP.  Presiden Republik Indonesia mengarahkan agar dalam lima tahun ke depan (tahun 2019) diharapkan kapabilitas APIP level 3 mencapai 85% dan hanya 1% di level 1.  Atas capaian tersebut, Kementerian Perhubungan telah menerima Studi Banding dari beberapa Kementerian seperti Kementerian Kesehatan, Kementerian Sosial dan Kementerian Desa, Pembangunan Daerah Tertinggal dan Transmigrasi.  Sebagai bagian dari Kemenhub yang memiliki fungsi sebagai Aparat Pengawasan Intern Pemerintah (APIP), Itjen perlu meningkatkan kualitas pengawasan di lingkungan Kemenhub secara keseluruhan. Dengan raihan ini maka Itjen Kemenhub dapat melaksanakan fungsinya dalam menilai dan melaporkan tingkat efisiensi, efektivitas, dan keekonomisan, serta memberikan saran kepada manajemen yang mencakup area tata kelola, manajemen resiko dan pengendalian untuk mencapai target kinerja Kemenhub secara Nasional. (R.P.D)