Dalam melaksanakan tugas, Inspektorat Jenderal menyelenggarakan fungsi:

a.    penyusunan kebijakan teknis pengawasan intern di lingkungan Kementerian Perhubungan;

b.  pelaksanaan pengawasan intern terhadap kinerja dan keuangan melalui audit, reviu, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lainnya di lingkungan Kementerian;

c.    pelaksanaan pengawasan untuk tujuan tertentu atas penugasan Menteri Perhubungan;

d.    penyusunan laporan hasil pengawasan di lingkungan Kementerian Perhubungan;

e.    pelaksanaan administrasi Inspektorat Jenderal; dan

f.     pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Menteri Perhubungan.