Sekretariat Inspektorat Jenderal mempunyai tugas melaksanakan pelayanan teknis dan administratif kepada semua unsur di lingkungan Inspektorat Jenderal.

Menyelenggarakan fungsi:

• Penyiapan penyusunan rencana, program kerja dan anggaran, manajemen risiko, pengelolaan data dan teknologi informasi, pelaksanaan kepatuhan dan pengendalian internal, serta monitoring, evaluasi dan pelaporan;
• Penyiapan pengelolaan urusan sumber daya manusia dan organisasi, pemantauan pelaporan harta kekayaan aparatur Kementerian Perhubungan, pengelolaan reformasi birokrasi, penilaian mandiri pelaksanaan reformasi birokrasi Kementerian Perhubungan, serta urusan ketatausahaan Inspektorat Jenderal;
• Penyiapan pengelolaan keuangan, pengadaan dan pengelolaan Barang Milik Negara, pengelolaan perlengkapan dan kerumahtanggaan, serta pelaksanaan keprotokolan;
• Penyiapan pelaksanaan pengelolaan dan pemantauan tindak lanjut atas hasil pengawasan internal dan eksternal, pelaksanaan urusan hukum, hubungan masyarakat, serta monitoring dan koordinasi pencegahan dan pemberantasan korupsi Kementerian Perhubungan.