Peraturan Menteri Perhubungan Nomor PM 17 Tahun 2022 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Perhubungan menyebutkan bahwa Inspektorat Investigasi memiliki beberapa fungsi  dalam pengawasan intern. Beberapa fungsi tersebut antara lain:

1. Inspektorat Investigasi bertanggung jawab untuk menyusun kebijakan teknis pengawasan dan program kerja pengawasan. Dengan demikian, Inspektorat Investigasi dapat memastikan bahwa kebijakan yang dibuat dan program kerja yang dilaksanakan dalam pengawasan Inspektorat Investigasi sesuai dengan standar yang ditetapkan.

2. Bertugas untuk melakukan pengawasan intern terhadap indikasi pelanggaran yang berpotensi menimbulkan kerugian negara, pelanggaran administrasi, penyalahgunaan wewenang dan kecurangan/fraud. Melalui pengawasan ini, Inspektorat Investigasi dapat mengidentifikasi dan menindaklanjuti laporan adanya indikasi pelanggaran yang terjadi di lingkungan Kementerian Perhubungan.

3. Memiliki tugas untuk menangani dan memantau pengaduan pelanggaran (whistleblower) dan pengaduan masyarakat. Dalam menjalankan tugas ini, Inspektorat Investigasi dapat memberikan perlindungan kepada whistleblower dan masyarakat yang melaporkan pelanggaran.

4. Inspektorat Investigasi bertugas untuk melakukan audit dengan tujuan tertentu. Audit ini dapat membantu Inspektorat Investigasi dalam mengidentifikasi masalah yang ada dan memberikan rekomendasi untuk peningkatan kinerja di lingkungan Kementerian Perhubungan.

5. Inspektorat Investigasi juga memiliki tugas untuk memantau tindak lanjut hasil pengawasan, dengan melakukan pemantauan ini, Inspektorat Investigasi dapat memastikan bahwa rekomendasi dari hasil pengawasan diimplementasikan dengan baik.

6. Melakukan reviu pengadaan barang/jasa pemerintah. dan proses pengadaan barang/jasa pemerintah berjalan dengan transparan dan akuntabel.

7. Inspektorat Investigasi juga bertanggung jawab untuk melakukan koordinasi dalam pengawasan penyelenggaraan sistem pengendalian intern, manajemen risiko, dan fungsi kepatuhan internal. Dengan melakukan koordinasi ini, Inspektorat Investigasi dapat memastikan bahwa sistem pengendalian intern dan fungsi kepatuhan di lingkungan Kementerian Perhubungan berjalan dengan baik dan sesuai dengan peraturan yang berlaku. Serta menjadi coordinator dalam penerapan manajemen risiko di Kementerian Perhubungan.

8. Inspektorat Investigasi juga bertugas untuk melakukan koordinasi dalam pelaksanaan Evaluasi Pembangunan Zona Integritas. Dengan melakukan koordinasi ini, Inspektorat Investigasi dapat membantu meningkatkan integritas dan akuntabilitas di lingkungan Kementerian Perhubungan dengan adanya predikat Wilayah Bebas Korupsi (WBK) dan Wilayah Bersih Bebas Melayani (WBBM) pada unit kerja di bawah Kementerian Perhubungan. 

9. Penugasan lain berdasarkan instruksi khusus Menteri Perhubungan dan/atau Inspektur Jenderal. Penugasan ini berkaitan dengan pengawasan tertentu atau penugasan khusus lainnya yang dirasa penting untuk dilakukan demi tercapainya tujuan Kementerian Perhubungan. Penugasan lain ini memerlukan keterampilan dan kemampuan khusus dari Inspektorat Investigasi dalam mengevaluasi situasi dan membuat keputusan yang tepat. Inspektorat Investigasi harus mampu memberikan solusi dan saran yang efektif bagi Menteri Perhubungan dan/atau Inspektur Jenderal.

10. Inspektorat Investigasi juga bertanggung jawab untuk menyusun laporan hasil pengawasan. Dengan menyusun laporan hasil pengawasan, Inspektorat Investigasi dapat memberikan informasi yang bermanfaat dan transparan kepada publik mengenai kinerja instansi pemerintah. Laporan hasil pengawasan tersebut juga dapat menjadi alat evaluasi dan monitoring bagi pemerintah dalam meningkatkan kualitas pelayanan publik dan pengelolaan keuangan negara.

11. Inspektorat Investigasi juga bertugas dalam melakukan urusan tata usaha, yang meliputi pengelolaan keuangan, sumber daya manusia, serta administrasi dan pelaporan. Dengan melakukan tata usaha yang baik, Inspektorat Investigasi dapat memastikan kelancaran dan keberlanjutan operasional instansi, sehingga dapat menjamin terpenuhinya tugas dan fungsi yang diemban.

Dalam hal ini, Peraturan Menteri Perhubungan Nomor PM 17 Tahun 2022 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Perhubungan telah menetapkan fungsi dan tugas Inspektorat Investigasi dengan jelas. Sebagai sebuah instansi pemerintah yang bertanggung jawab dalam melakukan pengawasan dan pengendalian intern di bidang transportasi, Inspektorat Investigasi memegang peran penting dalam meningkatkan kualitas pelayanan publik dan pengelolaan keuangan negara.