Inspektorat II melaksanakan penyelenggaran pengawasan pada sektor :
1.   Sekretariat Jenderal,
2.   Direktorat Jenderal Perkeretaapian,
3.   Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan.
( 23 Kantor Pusat, 8 Luar Negeri, 38 Unit Pelaksana Teknis )

Koordinator Pengawasan Wilayah I
1.     Biro Perencanaan
2.     Pusat Data dan Teknologi Informasi
3.     Pusat Fasilitasi Kemitraan dan Kelembagaan Internasional
4.     Atase Perhubungan Jepang
5.     Direktorat Keselamatan Perkeretaapian
6.     Sekolah Tinggi Ilmu Pelayaran Jakarta
7.     Politeknik Transportasi Darat Indonesia (PTDI) – STTD
8.     Balai Teknik Perkeretaapian Kelas I Wilayah Jabar
9.     Pusat Pengembangan SDM Aparatur Perhubungan
10.   BP3KSDMT Bandung
11.    Balai Pengujian Perkeretaapian
12.   Poltekpel Malahayati Aceh
13.   Politeknik Transportasi Darat Bali
14.   Balai Pendidikan dan Pelatihan Transportasi Darat Mempawah

Koodinator Pengawasan Wilayah II
1.     Biro Sumber Daya Manusia & Organisasi
2.     Pusat Pembinaan Jabatan Fungsional Transportasi
3.     Direktorat Lalu Lintas dan Angkutan KA
4.     Atase Perhubungan Singapura
5.     Atase Perhubungan Malaysia
6.     Direktorat Prasarana Perkeretaapian
7.     Balai Teknik Perkeretaapian Kelas II Wilayah Sumatera Bagian Selatan
8.     Poltekbang Palembang
9.     Balai Pengelola Kereta Api Ringan Sumatera Selatan
10.   Politeknik Transportasi SDP Palembang
11.    Politeknik Penerbangan Indonesia Curug
12.   Pusat Pengembangan SDM Perhubungan Udara
13.   Poltekpel Banten
14.   BP3 Curug

Koordinator Pengawasan Wilayah III
1.     Biro Hukum
2.     Biro Komunikasi dan Informasi Publik
3.     Ketua Mahkamah Pelayaran
4.     Atase Perhubungan Belanda
5.     Atase Perhubungan Inggris
6.     Direktorat Sarana Perkeretaapian
7.     Pusat Pengembangan SDM Perhubungan Darat
8.     Balai Teknik Perkeretaapian Kelas I Wilayah Jakban
9.     Balai Teknik Perkeretaapian Kelas II Wil. Sumbar
10.   Poltekpel Sumatera Barat
11.   Balai Teknik Perkeretaapian Kelas II Wil. Sumbagut
12.   Poltekbang Medan
13.   Poltekpel Sulawesi Utara
14.   Poltekbang Jayapura

Koordinator Pengawasan Wilayah IV
1     Biro Layanan Pengadaan dan Pengelolaan BMN
2     Biro Umum
3     Atase Perhubungan Jeddah
4     Pusat Pengelolaan Transportasi Berkelanjutan
5     Sekretariat Badan SDM Perhubungan
6     Politeknik Keselamatan Transportasi Jalan Tegal
7     Balai Perawatan Perkeretaapian
8     PIP Semarang
9     Balai Teknik Perkeretaapian Kelas I Wilayah Jateng
10   Balai Teknik Perkeretaapian Kelas I Wil. Jatim
11    Poltekbang Surabaya
12   API Banyuwangi
13   Poltekpel Surabaya
14   Politeknik Perkeretaapian Indonesia Madiun

Koordinator Pengawasan Wilayah V
1.     Pusat Pembiayaan Infrastruktur Transportasi
2.     Biro Keuangan
3.     Sekretariat KNKT
4.     Atase Perhubungan Amerika Serikat
5.     Pusat Pengembangan SDM Perhubungan Laut
6.     Sekretaris Direktorat Jenderal Perkeretaapian
7.     BP3IP Jakarta
8.     BP2TL Jakarta
9.     Poltekpel Sorong
10.   Atase Perhubungan Kanada
11.   Poltekbang Makassar
12.   PIP Makassar
13.   Balai Pengelola Kereta Api Sulawesi Selatan
14.   Poltekpel Barombong